В рамках сотрудничества институтов, подведомственных Росрыболовству и Российской академии наук (РАН), на основании договора о совместной научной деятельности № 68/2018 от 
14.06.2018 г. между ФГБНУ «АтлантНИРО» и ФГБУН Институт океанологии им. П.П. Ширшова РАН сотрудники ФГБНУ «АтлантНИРО» зам. директора, д.б.н. Архипов А.Г., зав. лабораторией, к.б.н. Александров С.В. и с.н.с. Гусев А.А. приняли участие в совместной научной экспедиции в Балтийском море. Научно-исследовательские работы выполнялись в рейсе № 43 НИС «Академик Борис Петров» во второй половине июля 2018 г.
Основной целью работ сотрудников ФГБНУ «АтлантНИРО» было получение:
- научных данных и материалов по состоянию среды обитания водных биологических ресурсов (ВБР) в Балтийском море, включая кормовую базу ВБР;
- научной информации о химическом загрязнении и эвтрофировании среды обитания ВБР в территориальном море и исключительной экономической зоне (ИЭЗ) РФ Балтийского моря.
В ходе экспедиции исследовательские работы были проведены на 31 комплексной станции, где одновременно отбирались пробы гидробионтов (фитопланктон, зоопланктон, ихтиопланктон, зообентос) и выполнялся сбор проб для определения гидрохимического состава и загрязнения морской воды. Особое внимание уделено ИЭЗ Российской Федерации в юго-восточной Балтике (открытые районы моря). Проведение экспедиционных исследований на всей акватории Российской Федерации в юго-восточной части Балтийского моря (26 подрайон ИКЕС), включая районы вдоль границ с ИЭЗ Литвы, Польши, Швеции,
а также вдоль побережья Калининградской области позволит после обработки научных материалов подробно охарактеризовать качественные и количественные изменения состояния среды обитания водных биологических ресурсов в ИЭЗ и территориальном море Российской Федерации (на акватории, прилегающей к Калининградской области).
Полученные в результате экспедиции научные данные будут весомым дополнением к ежегодным ресурсным исследованиям и государственному мониторингу ВБР и среды их обитания, проводимым ФГБНУ «АтлантНИРО» в Балтийском море.
